Mặc dù Web3 mang lại nhiều ưu điểm và tiềm năng, nhưng cũng không thiếu nhược điểm cần được cân nhắc. Một trong những nhược điểm chính của Web3 là vấn đề về tính bảo mật và an ninh. Mặc dù các công nghệ như blockchain có thể cung cấp một cơ chế bảo mật mạnh mẽ, nhưng việc sử dụng các ứng dụng và dịch vụ trên nền tảng này vẫn còn đối mặt với rủi ro về các lỗ hổng bảo mật và cuộc tấn công mạng. Thêm vào đó, sự phát triển nhanh chóng và không kiểm soát của một số dự án và sản phẩm trong hệ sinh thái Web3 cũng có thể dẫn đến việc xuất hiện các lỗ hổng và vấn đề về tính ổn định. Ngoài ra, việc chuyển đổi từ mô hình tập trung sang mô hình phi tập trung cũng có thể gây ra một số thách thức về quản lý và trách nhiệm, đặc biệt là trong việc giải quyết các tranh chấp và vi phạm pháp lý. Tóm lại, mặc dù Web3 có tiềm năng để tạo ra một internet phi tập trung và dân chủ hơn, nhưng việc vượt qua nhược điểm và thách thức vẫn đòi hỏi sự cẩn trọng và nỗ lực từ cộng đồng công nghệ.
