Dù chỉ gồm đậu đen, đường và nước, món chè này lại đòi hỏi người nấu phải thấu hiểu các nguyên lý khoa học để tránh tình trạng hạt sượng, đục nước hay nhạt vị. Đầu bếp Vũ Nhất Thông, sáng lập Trung tâm dạy nấu ăn Eric Vũ Cooking Class, cho biết trong ẩm thực, món ăn càng ít nguyên liệu càng khó giấu lỗi. Với món chè đậu đen, để thành công, người nội trợ cần nắm vững bản chất khoa học qua bốn bước. Nguyên lý ngâm đậu Hạt đậu đen có lớp vỏ chứa sắc tố anthocyanin tạo màu đen tím đặc trưng, đồng thời cản trở nước thấm vào bên trong. Phần ruột chứa tinh bột và protein được bao bọc bởi thành tế bào kiên cố. Nước chỉ có thể xâm nhập qua một "cửa ngõ" nhỏ gọi là rốn hạt (hilum). Quá trình ngâm là bước bắt buộc để nước thẩm thấu từ từ qua rốn hạt, làm mềm thành tế bào và cung cấp độ ẩm cho ruột đậu. Việc đun nấu ngay mà bỏ qua bước này sẽ khiến đậu khó chín và tốn nhiều nhiệt lượng. Thời gian ngâm lý tưởng là 4-6 tiếng ở nhiệt độ phòng. Nếu thời tiết nóng trên 30 độ C, nên ngâm đậu trong tủ lạnh để tránh vi sinh vật phát triển làm hỏng nguyên liệu.